این مسئله، که شاهان هخامنشی و ایرانیان این دوره چه مذهبی داشته اند، روشن نیست. علت این است که کتیبه های شاهان هخامنشی اطلاعات کافی راجع به این مطلب بدست نمی آید مورخین یونانی هم نه در این مسئله دقیق شده و نه به شرح آن پرداخته اند.

درباره مذهب در زمان پیشینیان «داریوش یکم» مدرکی وجود ندارد. مشهور است که «کوروش دوم» به عنوان بخشی از سیاستی که در مورد اقوامی که تحت حاکمیتش در می آمدند، معبد اورشلیم را دوباره برپا کرد؛ او همچنین به استقرار مجدد آیین های مذهبی بابل که توسط «نبونید» شکست خورده نادیده گرفته شده بود پرداخت، و در یک کتیبه بابلی خود را خدمتگزار «مردوک» خدای بابل اعلام کرد.

اینکه قوم خود کوروش چه مذهبی داشته اند و چه آیین هایی را برگزار می کرده اند بدرستی معلوم نیست.

«گزنفون» در کتاب «پرورش کوروش» می گوید: «که او توسط مغان در راه ایزدان بسیاری قربانی کرده است»(گزنفون، ترجمه رضا مشایخ، تهران، ص 75 ) شاید گزنفون در واقع تصویری آرمانی از کوروش ترسیم کرده باشد و اعمالی را به او نسبت داده که یک قرن و نیم بعد توسط کوروش کوچک و پیروان او مشاهده کرده است.

از «داریوش یکم» کتیبه های متعددی در دست است که کاملا روشن می سازد که پرستش «اهورامزدا» برای او اهمیت بسیار زیادی داشته است. بیشتر کتیبه های او با سرودهایی نظیر این آغاز می شود:

«ایزد بزرگ اهورا مزدا است، کسی که زمی را آفرید، آسمان را آفرید، شادی را برای انسان ها آفرید، داریوش را شاه کرد، یک شاه برای اقوام بسیار...» و یا در جایی دیگر آمده «اهورا مزدا بزرگترین خدایان- او مرا آفرید؛ او مرا شاه کرد؛ او این پادشاهی را، بزرگ، با اسبهای خوب و مردان نیک به من عطا فرمود. به لطف اهورا مزدا پدرم ویشتاسب و پدربزرگم آرشام، وقتی اهورامزدا مرا بر روی زمین شاه کرد، هر دو زنده بودند. خواست اهورامزدا چنین بود: او مرا برگزید- یک مرد بر روی تمام زمین؛ او مرا بر سراسر زمین شاه کرد. من اهورا مزدا را پرستیدم. اهورا مزدا به من کمک کرد... آنچه من کردم بنا به اراده اهورامزدا بود که کردم».(م. شوارتس، دین ایران هخامنشی، تاریخ ایران دوره هخامنشیان(از مجموع تاریخ کمبریج)، ترجمه مرتضی ثاقب فر، تهران، انتشارات جام، 1385، ص 589- 588)

برخی دیگر از محققان معتقدند که در امپراتوری که کوروش بنیاد نهاد و داریوش به آن وحدت بخشید، تمامی ملت هایی که تحت فرمانروایی او بودند، آزادی دین داشتند و تقریبا مسلم است که مردم خدایان دیگری را نیز ستایش می کردند. به طوری که در الواح بجا مانده از تخت جمشید چنین می توان دریافت که انواعی از ایزدان غیرگاهانی در زمان سلطنت داریوش مورد ستایش بوده اند.

در یکی از کتیبه های بازخوانی شده می خوانیم: « پارچ شراب عرضه شده دریافت شد و برای اهورا مزدا و ایزدمهر و شیموت به مصرف رسید».(همان، ص 591) که این ایزد اخیر یک خدای عیلامی بوده است. در اینجا عرضه کننده و هم موبد نام های ایرانی دارند.

از خصایص و ممیزات پادشاهان هخامنشی و ایرانیانی که در این عصر می زیستند بطور عموم دارا بودن روح تساهل مذهبی و آزاد گذاشتن پیروان ادیان مختلف و احترام به آراء و عادات ملل دیگر می باشد، «برای تمجید این پادشاهانی که با صدق و صفا و متقی بودند، هر چند اغلب به حکم ضرورت بی رحمی می نمودند، باید افزود که فرمان های ایشان گواه تساهل واسع نسبت به عقاید و اعمال دینی مردم کشورهای تابع آنان است. در بهترین زمان آبادانی خود، شاهنشاهی ایران، چون امپراتوری روم پس از آن حاوی دین هایی بغایت متنوع بود و مصریان، با آرامش در زیر حمایت قوانینی عاقلانه و پدرانه، زندگی می کردند».(کلمان هوار، ایران و تمدن ایرانی، ترجمه حسن انوشه، تهران، امیرکبیر، 1363، ص 81-77)

این واقعیت که در لوحه ها پس از نام اهورامزدا نام سایر ایزدان ذکر می شد شاید مربوط به اعتقاد شدید داریوش به اهورامزدا باشد که به عنوان جانشین اهورا احتمالا در راس دستگاه خدایان قرار داشت. مدارای داریوش در پرستش خدایان بیگانه در کتیبه ی مشهور یونانی به چشم می خورد « که نامه سرگشاده ای است از داریوش به ساتراپ خود گاداتاس که به سرزنش و توبیخ او برای تحمیل مالیات بر زمینی که وقف آپولو شده بوده می پردازد. این متن نشان می دهد که هخامنشیان اولیه از هاتف ماگنزیا استفاده می کرده اند؛ داریوش اعلام می کند که    درباره ی گذشته های او گفه شده که به خاطر حقیقت کامل ایزد بوده است».(م. شوارتس، پیشین، ص 593)

شاید بتوان مدرک آشکار در مورد رقابت مذهبی را در گفته های داریوش در کتیبه بیستون یافت که به عنوان بخشی از سیاست بازسازی خود، دوباره به استقرار پرستشگاه هایی که گئومات مغ خراب کرده بود، پرداخت.

از کلیه ی اطلاعات ذکر شده در خصوص دین عصر داریوش می توان نتیجه گرفت که ایرانی های دوره ی هخامنشی به خدای بزرگی که او را «اهورامزدا» یعنی اهورای دانا می نامیدند معتقد بودند و بعد از او به موجودات مجردی، ک در ردیف خدای بزرگ نبوده اند. و گرنه در کتیبه ها «اهورامزدا» را خدای بزرگ نمی نوشتند و دیگر اینکه اسامی آنها ذکر می شد.

این موجودات مجرد عبارت بودند از آفتاب، ماه، آتش، آب، باد که در دوره ساسانی هر کدام اینها ایزدی دارد و زمین و خاک یکی از امشاسپندان یا جاویدان های مقدس است.